थिरुनवाया केरल राज्य के मलप्पुरम जिले में स्थित है। यह क्षेत्र उष्णकटिबंधीय जलवायु का अनुभव करता है जहाँ गर्मी और आर्द्रता साल भर रहती है। गर्मियों में तापमान २८-३५ डिग्री सेल्सियस तक पहुंचता है जबकि सर्दियों में २०-२५ डिग्री सेल्सियस रहता है। दक्षिण-पश्चिम मानसून जून से सितंबर तक सक्रिय रहता है जिससे १००० मिलीमीटर वार्षिक वर्षा होती है। नीलगिरि पर्वत श्रृंखला के निकट यह स्थान नदियों और हरे-भरे मैदानों से घिरा है।