मराठक्कर केरल राज्य के अलप्पुझा जिले में स्थित है और आर्द्र उष्णकटिबंधीय जलवायु का अनुभव करता है। यहाँ गर्मियों में तापमान 28-32 डिग्री सेल्सियस तक पहुँचता है, जबकि सर्दियों में 22-26 डिग्री सेल्सियस रहता है। दक्षिण-पश्चिम मानसून जून से सितंबर तक प्रभावी होता है, वार्षिक वर्षा लगभग 2200 मिलीमीटर होती है। यह क्षेत्र समृद्ध जलभूमि, बैकवाटर और नारियल बागों के लिए प्रसिद्ध है, जो इसकी जलवायु विशेषताओं को प्रतिबिंबित करता है।