खंटोरा राजस्थान के बाड़मेर जिले में स्थित है और अर्ध-शुष्क जलवायु का अनुभव करता है। गर्मियों में तापमान ४०-४५ डिग्री सेल्सियस तक पहुँचता है, जबकि सर्दियों में यह १०-१५ डिग्री सेल्सियस रहता है। मानसून जुलाई से सितंबर तक आता है और वार्षिक वर्षा मात्र २५-३० सेंटीमीटर होती है। यह क्षेत्र थार रेगिस्तान के किनारे पर स्थित है, जहाँ रेतीली मिट्टी और विरल वनस्पति पाई जाती है।