कुस्तई कज़ाखस्तान के मंगिस्तौ क्षेत्र में स्थित है और यहाँ की जलवायु अर्द्ध-शुष्क मरुस्थलीय है। ग्रीष्मकाल में तापमान ४० डिग्री सेल्सियस तक पहुँचता है जबकि शीतकाल में यह नकारात्मक १० डिग्री सेल्सियस तक जाता है। वर्षा अत्यंत सीमित है, वार्षिक वर्षा केवल १०० मिलीमीटर से भी कम होती है। यह क्षेत्र कैस्पियन सागर के पूर्वी तट के निकट स्थित है, जिससे तटीय जलवायु प्रभाव दिखाई देता है। यहाँ की मिट्टी मुख्यतः बलुई और लवणीय है, जो कृषि के लिए अनुपयुक्त है।